通过降水、河流泛滥、潮汐、地表水和地下水进入湿地的各种物质有营养物、污染物及各种泥沙等，因此湿地是营养物质的“汇” ；营养物质的输出使得湿地又成为营养物质的“源”和“转换器” 。
滞留沉积物
湿地特别是沼泽湿地、河流泛滥平原湿地和湖滨湿地，不仅有助于减缓水流速度，而且有利于沉积物沉降和排出。随着水流进入湿地的物质常常附着在沉积物颗粒上，所以湿地具有滞留沉积物的作用。但是，这种作用是有限的。
洪水带来的沉积物也增加了河滨和湖滨地带土壤的营养物质。沉积在湿地的营养物质是湿地植物和动物生长繁衍的营养物质来源，决定了沼泽土壤的性质，制约着湿地水质的好坏。
洪水挟带的大量泥沙淤积在泛洪湿地和湖滨湿地中， 造成河湖变浅， 容量减少， 湖泊萎缩，洪水向四周侵淹，淹没周围良田和村镇。洞庭湖湖水泥沙量较大，湖底年平均淤高 16 mm；鄱阳湖实测沉积速率年平均值为 1.7 mm；洪泽湖每年湖盆淤高 1.5 mm，相当于每年有 2808
万吨的泥沙淤积量平铺于全湖湖盆上；太湖平均沉积速率较小，为每年 0.18 mm；巢湖泥沙沉积速率与太湖相仿 ( 窦鸿身等，2003)。
降解污染物
湿地具有很强的降解和转化污染物的能力，以至于世界许多地方都通过建立人工湿地来净化污水。湿地中有许多水生植物，包括挺水、浮水和沉水植物，它们的组织中富集重金属的浓度比周围水中浓度高出 10 万倍以上。许多植物还含有能与重金属链结的物质，从而参与金属解毒过程。特别是水湖莲、香蒲、芦苇对含高浓度重金属如镉、银、铜、锌、钒等的污水处理效果十分明显。
黑龙江省七星河受上游工厂污水排放影响，水质受到污染。但是流经一片面积约325 hm2的芦苇沼泽湿地后，由于湿地对水中污染物有明显富集作用，结果河水水质得到明显改善。试验表明，芦苇湿地对铝净化能力达 96.06%，铁为 92.78%，锰为 94.54%，铅为80.18%，铍和镉为 100%（杨永兴等，1993） 。
污染物被芦苇吸收、代谢、分解、积累，同时随着芦苇收割而被带出水体和土壤之外，于是提高了水质和土壤的质量，消除和降低了对人类的潜在威胁。
吸纳多余的营养物
工业废水和生活污水，以及农田施肥流失的营养物质，经过湿地的滤过作用，一部分营养物质被阻止进入河流、湖泊和海洋。经化学、生物和物理作用，营养物被滞留和分解，被湿地植物吸收。辽河三角洲 8 万 hm2的芦苇湿地，每年春季灌溉期间可阻止 3200 ～ 4000 吨氮和 80 吨活性磷流入辽东湾（肖笃宁等，2001） 。白洋淀芦苇沼泽湿地也具有强大的对陆源营养物质滤过作用，特别是对地下潜流汇入淀区的氮、磷等物质大部分被截留下来，水质得到显著净化 ( 尹澄清，2000)。三江平原沼泽湿地污水处理的实地模拟表明，湿地土壤对污水的吸附和解吸、沉淀和溶解等物理化学过程规律是开始快速反应，随后缓慢进行，大致呈指数下降趋势。
